Kaiser Rudolf II. hatte viel in den Krieg investiert und verloren, doch glaubte er, der Sieg sei nur eine Frage der Zeit. Stattdessen musste er den Verlust mehrerer wichtiger Burgen hinnehmen und obendrein gegen den aufständischen pro-osmanischen Fürsten Stephan Bocskai von Siebenbürgen kämpfen. Auch Sultan Ahmed I. war in einem Konflikt mit den persischen Safawiden gebunden, sodass beide Seiten schließlich einem lange hinausgezögerten Friedensschluss zustimmten.
Am 11. November 1606 schlossen sie den Frieden von Zsitvatorok. Erstmalig verhandelte der Sultan mit dem Kaiser als einem Gleichrangigen. Gegen eine Einmalzahlung von 200 000 Gulden verzichtete er künftig auf die jährlichen Tributzahlungen des Habsburgerreichs. Der Friedensvertrag wurde mehrmals verlängert und verschaffte beiden Seiten Ruhe bis zum Ausbruch des Türkenkriegs im Jahr 1663.
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