Zunächst beteuerte der Bürgermeister im Folterkeller seine Unschuld, er „habe niemals Gott verleugnet“. Schließlich aber gestand er, sich geschlechtlich mit einer Teufelin vereinigt und Gott abgeschworen zu haben. Außerdem bekannte er sich zu Schadenszauber und Hostienfrevel. Besonders fatal war sein Geständnis für diejenigen, die er namentlich als seine Gefährten benannte, denn auch sie gerieten nun ins Visier der Hexenjäger.
In einem Abschiedsbrief an seine Tochter Veronika bekennt Junius, er habe, nicht zuletzt auf Anraten des Scharfrichters, sein Geständnis nur getan, um weiterer Marter zu entgehen. „Unschuldig bin ich in das Gefängnis gekommen, unschuldig bin ich gefoltert worden, unschuldig muss ich sterben. Denn wer in dieses Haus kommt, der muss ein Hexer werden, oder er wird so lange gefoltert, bis er etwas erdichten muss.“ Johannes Junius wurde am 6. August 1628 auf dem Scheiterhaufen hingerichtet.
