Die Forscher um Jean-Daniel Stanley vom Smithsonian Institut untersuchten die Überreste der beiden Städte mit verschiedenen geologischen, geophysikalischen und archäologischen Methoden. Sie kamen zu dem Schluss, dass der Meeresspiegelanstieg allein nicht für das Versinken der Städte verantwortlich sein kann. Die beiden jeweils etwa einen Quadratkilometer großen Siedlungen in der Bucht von Abu Kir sanken um insgesamt etwa acht Meter ab, der Meeresspiegel stieg in den 2500 Jahren seit Gründung von Herakleion aber nur um 4,60 Meter. Nach Meinung der Forscher haben einige katastrophale Erdrutsche zum Untergang der Städte beigetragen. Das belegen chaotische Sedimentschichten direkt unter den Ruinen.
Stanley und Kollegen kommen zu dem Schluss, dass der Bau von schweren Gebäuden, zum Beispiel Tempeln und großen Mauern, direkt auf dem unverfestigten Delta-Sediment zum Versinken der Städte beigetragen hat. Sie gehen davon aus, dass einige Bauwerke schon absackten oder zusammenbrachen, während die beiden Städte noch bewohnt waren. Das belegen zum Beispiel menschliche Skelette und Schmuckgegenstände, die von verfallenen Wänden bedeckt sind. Beim Untergang der Stadt Ost-Canopus spielte zusätzlich wahrscheinlich eine besonders heftige Nil-Flut im Jahr 742 eine Rolle. Das neue angeschwemmte Sediment habe die instabile Ansiedlung womöglich endgültig abgleiten lassen.
Die Forscher warnen, dass einige moderne Metropolen, etwa Venedig, Shanghai, New Orleans oder Bangkok auf ebenso unsicherem Grund stehen wie die beiden alten griechischen Siedlungen und ohne Schutzmaßnahmen ein ähnliches Schicksal erleiden könnten.
