Ein hämorrhagisches Fieber, wie es vom Hanta-Virus verursacht wird, verbreitete sich 1545 und dann noch einmal 1576 auf der Yucatan-Halbinsel und tötete 17 Millionen Menschen, davon 80 Prozent Indios. Verursacht wurde die Epidemie nach Meinung von Stahle durch ein einheimisches Virus. Dieser Virus konnte sich durch eine ungewöhnlich harte Dürreperiode, die in jener Zeit herrschte, besonders gut verbreiten.
Die Überträger des Virus sind Nagetiere, wie zum Beispiel Ratten. Stahle bemerkte, dass das trockene Flachland an der Küste, wo keine Ratten leben, von der Epidemie verschont blieb. Anhand einer Jahresring-Datierung von 2000 Jahren alten Bäumen, durch die Klimaschwankungen vergangener Zeiten erfasst werden können, ermittelte Stahle die Niederschlagsmengen in den Epidemie-Regionen. Er fand heraus, dass die beiden Epidemien auf dem Höhepunkt einer Niederschlagsperiode auftraten, denen schwere Dürrezeiten vorangegangen waren. In den Dürrezeiten, so Stahle, haben sich die Ratten bei den wenigen Wasserstellen aufgehalten und bildeten so ein konzentriertes Viren-Reservoir. Als der Regen kam, verstreuten sich die Ratten über das Land – und nahmen die Viren mit sich.
Vielleicht hätten die Menschen sowohl die Dürre als auch die Epidemien besser überlebt, wenn nicht beides mit der spanischen Eroberung und Kolonialisierung zusammengefallen wäre. Durch die Kolonialisierung entstand für die mexikanischen Ureinwohner ein Mangel an guter Nahrung und Kleidung. Die spanischen Eroberer haben somit indirekt zur Ausbreitung der Epidemie beigetragen.
