Um Neapel zum alleinigen Zentrum des Jura-Studiums zu machen, verhängte Friedrich 1226 sogar die Reichsacht gegen die berühmte Universität von Bologna, neben Paris die älteste Universität. Bologna hielt überdies zum Papst, als dieser wegen anderer Fragen in schweren Konflikt mit dem Stauferherrscher geriet.
Friedrich gelang es indes nicht, Neapel die erhoffte Monopolstellung zu verschaffen. Auch bedurfte es schon frühzeitig mehrerer Reformen, um den Universitätsbetrieb zu sichern. Heute zählt die Universität, die 1266 auch vom Papst anerkannt wurde, über 100000 Studenten.
