Um einem Prozess zu entgehen, floh Hamilton nach Deutschland und schrieb sich in Marburg ein. In dieser Zeit begegnete er wohl auch Martin Luther sowie Philipp Melanchthon persönlich. Abermals kehrte Hamilton nach Schottland zurück und wirkte jetzt offen als Reformator. Doch schließlich konnten ihn auch seine verwandtschaftlichen Verbindungen zum Königshaus nicht mehr vor der Anklagebank retten: Eine Versammlung von Klerikern und Bischöfen verurteilte ihn am 29. Februar 1528 wegen Häresie. Der 24-jährige Hamilton wurde sogleich den weltlichen Vollstreckern übergeben und, um ein Eingreifen seiner Freunde zu verhindern, noch am selben Tag vor der St. Salvator’s Chapel der Universität St. Andrews auf dem Scheiterhaufen verbrannt. Das Aufkommen protestantischer Lehren in Schottland konnten die Verantwortlichen jedoch damit nicht unterdrücken, ganz im Gegenteil: Die Hinrichtung des bald als Märtyrer des neuen Glaubens verehrten Hamilton beschleunigte vielmehr die Ausbreitung der Reformation. Der Rauch Hamiltons, so hieß es, habe jeden angesteckt, den er anwehte.
