Diese wurde ganz unvermittelt Ziel eines Angriffs: Am 30. Dezember 1066 stürmten Muslime den Königspalast, ergriffen Joseph und kreuzigten ihn. Beim anschließenden Massaker an der jüdischen Bevölkerung sollen etwa 4 000 Menschen ermordet worden sein. Ziel der Aggression der Angreifer scheint zunächst Rabbi Joseph ibn Naghrela persönlich gewesen zu sein. Über ihn schreibt 100 Jahre später Rabbi Abraham ibn Daud, es habe ihm keineswegs an den Fähigkeiten seines Vaters gemangelt, wohl aber an dessen Bescheidenheit. Josephs großer Einfluss beim König könnte also ein Motiv für die Gewalt gewesen sein. Die schwer getroffene jüdische Gemeinde erholte sich in den Folgejahren, musste 1090 unter den Almoraviden aber einen erneuten Angriff überstehen. Das Massaker von Granada wird rückblickend als erstes Pogrom auf europäischem Boden bezeichnet.
