Regierungsoberhaupt war Lordprotektor Oliver Cromwell, der im Auftrag des Parlaments Irland ein für alle Mal zurückgewinnen sollte. Ihm zur Seite stand die „New Model Army“, die hochgerüstete englische Parlamentsarmee. Eines von Cromwells ersten Zielen war das ostirische Drogheda, eine Hochburg irischer Rebellen und Königstreuer; dort hieß es, man wolle sich unter keinen Umständen ergeben. Cromwell setzte auf eine schnelle Entscheidung: Am 11. September 1649 gab er den Befehl zum Sturmangriff auf die Stadt, deren Mauern der Artillerie nicht lange standhielten. Die etwa 3000 Mann starke Besatzung Droghedas wurde massakriert, ebenso alle katholischen Geistlichen und eine unklare Anzahl von Zivilisten. Angesichts der Greuel diskutierten bereits die Zeitgenossen über die Rechtmäßigkeit von Cromwells Aktion, die in der englischen Heimat besonders in königstreuen Kreisen scharf verurteilt wurde. Was Cromwell selbst als „rechtmäßiges Gericht Gottes über die barbarischen Schufte“ bezeichnete, wurde und wird nicht nur in Irland mehrheitlich als Akt der Barbarei gewertet.
