Für die Juden, die bis Januar 1349 Basel noch nicht verlassen hatten, gab es kaum ein Entrinnen. Am 16. Januar trieben Horden von Stadtbewohnern, die vermutlich von den Zünften angestachelt worden waren, die noch in der Stadt verbliebenen erwachsenen Juden zusammen und brachten sie in ein Holzhaus auf dem Rhein. Dann steckten sie das Holzhaus in Brand und ließen die etwa 50 bis 70 eingesperrten Frauen und Männer qualvoll verbrennen. Die Kinder wurden zwangsgetauft und in Klöstern untergebracht. Mit den Juden wollte man sich der vermeintlichen Brunnenvergifter entledigen, die schuld seien am Schwarzen Tod, der die Menschen landauf, landab dahinraffte. In Basel war die Krankheit noch gar nicht ausgebrochen, vielmehr sollte die Ausrottung der jüdischen Gemeinde genau das verhindern. Ein Gutachten der Pariser Universität aus dem Vorjahr vermutete zwar die Ursachen der Pest in giftigen Dämpfen und empfahl unter anderem die Quarantäne von Erkrankten. Hysterie, Neid, Angst und Hass der Bevölkerung entluden sich jedoch nicht nur in Basel gegen die jüdischen Gemeinden. In zahlreichen Städten Europas kam es ebenfalls zu grausamen Pogromen mit Tausenden von Todesopfern und Zwangstaufen, obgleich allerorts auch die Juden zu den Opfern der Pest zählten oder die Seuche auch in Gebieten wütete, in denen keine Juden wohnten.
