Seit er 1628 das erste Mal Hieroglyphen gesehen hatte, war er von der rätselhaften Sprache fasziniert, ging er doch davon aus, dass Adam und Eva Altägyptisch gesprochen hatten. Als wichtigsten Schlüssel zum Verständnis des Altägyptischen in Wort und Schrift betrachtete er das Koptische, es sei deren letzte Entwicklungsstufe. 1636 veröffentlichte er eine Grammatik dieser Sprache, den „Prodromus coptus sive aegytpicanus“. Über das Koptische und das Griechische hoffte er, auch die Hieroglyphen entziffern zu können. Umso enttäuschter war Kircher, als ihm die Entschlüsselung der geheimnisvollen Zeichen einfach nicht gelingen wollte. Zwar vermutete er, den Hieroglyphen liege ein Alphabet zugrunde, glaubte aber, dass man sie nicht übersetzen, sondern nur allegorisch deuten könne.
Nicht nur Kirchers koptische Grammatik, ebenso seine Fehlinterprationen bezüglich des Altägyptischen erwiesen sich für die Ägyptologie als äußerst hilfreich. Auch Jean-François Champollion, der im 19. Jahrhundert die Hieroglyphen entschlüsselte, profitierte von Kirchers Vorarbeiten.
