Bis zu diesem Zeitpunkt war dieser, außer als Mitglied des Parlaments und Kanzler der Universität Oxford, politisch in der Öffentlichkeit so gut wie nicht in Erscheinung getreten. Zudem verfügte er über keinerlei militärische Erfahrung und konnte dementsprechend keinen militärischen Rang vorweisen. Gerade dies veranlasste das Heer und seine hochrangigen Offiziere, die selbst noch im Bürgerkrieg gekämpft hatten, Richard Cromwell als ihren neuen Befehlshaber abzulehnen. Auch im Parlament fand der neue Lordprotektor keinen Rückhalt.
Ein Konflikt zwischen der Armee und dem vom bürgerlichen Lager dominierten Parlament brachte Cromwell schließlich, nur neun Monate nach seinem Amtsantritt, zu Fall. Trotz anfänglicher Weigerung musste Cromwell auf Druck des Militärs im April das Parlament auflösen. Das neuberufene Rumpfparlament versuchte, ihn zum Amtsverzicht zu bewegen. Einen Monat später, am 25. Mai 1659, legte Richard Cromwell schließlich formal sein Amt als Lordprotektor nieder und begab sich ins Exil nach Frankreich. Die Ära des Lordprotektorats war damit zu Ende. Im Mai 1660 wurde die Monarchie wiederhergestellt, und unter Karl II. begann das Zeitalter der Restauration.
