Diese fand vom 27. Juni 1519 an in der Hofstube der Pleißenburg zu Leipzig statt und trägt daher den Namen „Leipziger Disputation“. Neben Martin Luther traten Andreas Bodenstein von Karlstadt und Philipp Melanchthon für die neue Lehre ein, während Johannes Eck von einigen Leipziger Theologen unterstützt wurde.
Die eigentliche Auseinandersetzung zwischen Luther und Eck fand erst im Juli statt. Scharf attackierte Eck die Thesen des Reformators und rückte ihn in die Nähe von Jan Hus, der ein Jahrhundert zuvor als Ketzer verbrannt worden war. Tatkräftig unterstützt von Karlstadt und Melanch‧thon, wusste Luther gut zu kontern. Als am 13. Juli die Disputation für beendet erklärt wurde, fühlten sich beide Lager als Sieger. In der veröffentlichten Disputationsschrift war nachzulesen, dass Luther sowohl dem Papst als auch dem Konzil die höchste Autorität in Glaubensdingen absprach und überdies nicht alle Thesen des Jan Hus als ketzerisch erachtete. Der Bruch mit Rom war damit endgültig vollzogen.
