Die Silbermine wurde ab dem Jahr 1000 ausgebeutet, schreiben die Forscher. Zu dieser Zeit wurde der See erstmals mit Schwermetallen wie Blei, Bismut, Antimon und Zinn verschmutzt, die bei der Verhüttung der Silbererze mit Abgasen in die Luft gelangten. Bis zum Jahr 1200 nahm die Verschmutzung des Sees wieder ab, was nach Meinung der Forscher den Niedergang der Tiwanaku-Kultur ? vermutlich ausgelöst durch eine Dürre ? widerspiegelt.
Mit dem Aufstieg der Inkas nahm die Blei-Belastung wieder zu. Der Anteil von Silber in den Sedimenten ist aber geringer als während des ersten Höhepunktes der Metallverarbeitung. Offenbar hatten die Inkas Fortschritte bei der Metallverarbeitung gemacht.
Die Ankunft der Spanier 1545 in Potosi ist ebenfalls in den Sedimenten zu erkennen: Die Europäer führten zunächst ihre eigene Verhüttungstechnik ein, die aber bei den bolivianischen Erzen nicht funktionierte. In dieser Zeit nahm die Schwermetallverschmutzung des Sees noch einmal erheblich zu.
