Für Anfang Oktober 1571 luden daher die niederländischen Calvinisten Petrus Dathenus und Johannes Taffinus die Leiter dieser Gemeinden ins ostfriesische Emden. Im ehemaligen Zeughaus trafen die Delegierten zusammen, um unter dem Vorsitz von Pastor Gaspar van der Heyden unter anderem über die Grundstruktur der reformierten Kirche, die Priesterausbildung und die Zusammenarbeit der Gemeinden zu beraten. Nach dem Vorbild der Genfer Kirchenordnung von Johannes Calvin gab sich die reformierte Kirche in Emden eine presbyterial-synodale Struktur. Die einzelnen Gemeinden waren autonom und regelten ihre Angelegenheiten durch ein gewähltes Gremium (Presbyterium) selbst. Ein gestuftes System von Synoden befasste sich mit übergemeindlichen Angelegenheiten. Als erste Generalsynode der niederländischen reformierten Kirche wurde die Versammlung von Emden wegweisend für die reformierte Kirche überhaupt.
