Es sollten 26 Jahre des Konflikts, der Enttäuschung und Niederlagen werden, in denen Maria nicht zuletzt an der komplexen politischen Lage in Schottland und England scheiterte. Ihre Herrschaft war von Anfang an geprägt vom Konflikt zwischen Katholiken und Protestanten. Letztere begegneten der katholischen Königin mit großem Misstrauen – Marias Ehe mit dem katholischen Lord Darnley verstärkte die Abwehr noch. Die kinderlose Elisabeth I. erkannte Marias Sohn, Jakob VI., im Jahr 1566 als ihren Thronfolger an, während sie Maria vergebens dazu bewegen wollte, den protestantischen Glauben anzunehmen.
Ein Jahr später, nach der Ermordung ihres Gatten, die man ihr anlastete, wurde Maria zugunsten ihres Sohnes zur Abdankung gezwungen und ging nach England ins Exil. Wegen ihrer Beteiligung an einem Attentat auf Elisabeth I. wurde Maria dort wegen Hochverrats verurteilt und 1587 in Schloss Fotherinhay auf Befehl Elisabeths I. hingerichtet. Ihr Sohn herrschte als Jakob I. von 1603 bis 1625 in Personalunion über Schottland und England.
