Die spanischen Kolonialherren forderten eine Untersuchung des aus ihrer Sicht eigenmächtigen Vorgehens des Inquisitors. Diego de Landa verfasste die Rechtfertigungsschrift „Relación De Las Cosas De Yucatán“ („Bericht über die Dinge in Yucatán“). Vieles von dem, was er an Wissen über die Maya-Kultur gesammelt hatte, floss dort ein, so auch eine Rekonstruktion des Maya-Alphabets. Auf diese Weise erwies sich seine Schrift trotz mancher Fehler als wichtige Quelle für die spätere Forschung. Bis auf sehr wenige Bücher waren ja alle anderen Kulturgüter der Maya dem religiösen Fanatismus zum Opfer gefallen, wichtige Quellen zur Geschichte und Kultur der Indigenen unwiederbringlich zerstört worden. De Landa wurde letztlich von allen Vorwürfen freigesprochen und 1572 zum Bischof von Yucatán ernannt.
