Am 12. März 1365 stiftete er „mit der Underschrift unser selbs hant“ die Universität Wien. Auch seine Brüder Albrecht III. und Leopold III. unterzeichneten die beiden Stiftungsbriefe. Dass es zwei Stiftungsbriefe gibt – einen wie üblich auf Latein, den anderen in deutscher Sprache –, ist ebenso ungewöhnlich wie ihre prachtvolle Gestaltung. Der 12. März als Namenstag Papst Gregors I., Patron der Lernenden, war bewusst gewählt. Der Herzog wolle, so gab er kund, dass „ein yeglich weiser mensch vernünftiger und ain unweiser zuo menschlicher vernunft in rechte erkantnüsse mit goetlicher lerung bracht und geczogen werde“.
Detailliert regelten die Urkunden die Statuten, die sich an denen der Jagiellonen-Universität in Krakau orientierten. Der Text stammt vom herzoglichen Kanzler Johann Ribi. Der Gelehrte Albert von Sachsen stand bei der Universitätsgründung nicht nur beratend zur Seite, sondern wurde auch erster Rektor der Alma Mater Rudolphina, der ältesten Universität im deutschen Sprachraum.
