Am 13. April erließ er die Bulle „In nomine Domini“, das „Papstwahldekret“. Eindringlich erinnert Nikolaus darin an die tiefen Wunden, die dem Papsttum durch die Erhebung Benedikts geschlagen worden seien. Um solche Vorgänge für die Zukunft zu verhindern, legte er fest, dass die Wahl des Papstes künftig nur noch durch die Kardinäle, zuvorderst die Kardinalbischöfe, erfolgen sollte. Damit sollte jede weltliche Einflussnahme, wie sie durch die alte Praxis der Papsterhebung durch „Klerus und Volk von Rom“ ermöglicht worden war, zurückgedrängt werden. Und auch die römisch-deutschen Könige und Kaiser, die oft in die Neubesetzung des Apostolischen Stuhls eingegriffen hatten, bekamen künftig nur noch ein Zustimmungsrecht. Die Neuregelung bot für die Zukunft reichlich Zündstoff (wie den Investiturstreit), doch ist sie bis heute gültig.
