Allerdings war ihre Amtszeit mit Her-ausforderungen verbunden. Domitien stand einer politischen Elite gegenüber, die sich mit einer Frau an der Spitze schwertat. Bereits 1976 musste sie ihr Amt niederlegen, als sie in Konflikt mit Präsident Jean-Bédel Bokassa geriet. Sie widersetzte sich seiner Entscheidung, im Land die Monarchie einzuführen und sich selbst zum Kaiser zu krönen.
Das mutige Eintreten für ihre Überzeugungen kostete sie einen hohen Preis. Bokassa entließ sie aus ihrem Amt und stellte sie unter Hausarrest. Nach Bokassas Sturz 1979 stand sie selbst unter Anklage wegen dessen Greueltaten und wurde kurzzeitig inhaftiert. Erst 14 Jahre danach hat man sie rehabilitiert. Obwohl Élisabeth Domitiens Amtszeit nur kurz war, gilt sie bis heute als Inspiration für den Fortschritt der Frauenbewegung in Afrika.
