Von Entdeckerlust gepackt, kehrte Borchgrevink nach England zurück, um Unterstützung für eine eigene Expedition zu gewinnen. Mit finanzieller Hilfe des Verlegers Sir George Newnes organisierte er die Southern-Cross-Expedition (1898 –1900). Diese war bahnbrechend, da erstmals Menschen auf dem antarktischen Festland überwinterten und dort umfangreiche Messungen durchführten, einschließlich magnetischer, meteorologischer und biologischer Studien. Obwohl seine wissenschaftlichen Spuren später von zahlreichen anderen Expeditionen überdeckt wurden, sind Borchgrevinks Landung und seine Beiträge bis heute ein Symbol für den Beginn der Erkundung des letzten unerforschten Kontinents.
Dennoch blieben Borchgrevinks Expeditionen auch nicht frei von Kritik. Die Aneignung von Wissen ohne Beteiligung oder Nutzen für andere Kulturen diente hauptsächlich europäischen Interessen und kann heute als Form des wissenschaftlichen Imperialismus betrachtet werden.
