Als letzter legitimer Angehöriger des Herrscherhauses Avis bestieg nun Sebastians Onkel Heinrich, ein Kardinal der römischen Kirche, den Thron. Doch der „Kardinalkönig“ Heinrich I. starb 1580, und das folgende Machtvakuum offenbarte, wie sehr Portugal unter den Folgen des marokkanischen Desasters litt. Zunächst rief sich António von Crato, ein illegitimer Angehöriger des Herrscherhauses, zum König aus. Doch auch der Habsburger Philipp II. von Spanien hatte Ambitionen. Unter dem Kommando von Don Fernando Álvarez de Toledo, Herzog von Alba, entsandte Philipp daher ein 40 000 Mann starkes Heer nach Portugal. António von Crato hatte der spanischen Übermacht nichts entgegenzusetzen, als es am 25. August 1580 bei Alcantara zur Schlacht kam: Portugals Krone fiel an den spanischen König.
