Beunruhigt entsandte der spanische Hof den Untersuchungsbeamten Francisco de Bombadilla nach Hispaniola, nachdem Berichte spanischer Siedler über Kolumbus’ Bestechlichkeit und Machtmissbrauch bis in die Heimat gedrungen waren. Kolumbus wurde abgesetzt und Bombadilla zum neuen Gouverneur ernannt. Vor Ort ließ dieser Kolumbus verhaften und als Gefangenen nach Spanien verschiffen.
In Ketten gelegt kam der einst gefeierte Held am 25. November 1500 in Granada an und musste sich vor dem Königspaar rechtfertigen. Ferdinand II. und Isabella I. begnadigten ihn zwar, seine Ämter verlor er aber ebenso wie seinen guten Ruf. Zu Kolumbus’ Sturz trug auch die Entdeckung des Seewegs nach Indien durch den Portugiesen Vasco da Gama bei. Auch seine vierte und letzte Seereise, die er 1502 in die Neue Welt antrat, konnte ihm nicht mehr zu altem Ruhm verhelfen.
