Während des Pontifikats Sixtus’ V. hatte er großen Einfluss an der Kurie genossen und war, als das Konklave zusammentrat, einer der papabili, der aussichtsreichsten Kandidaten für den Apostolischen Stuhl. Er wolle einen alten Papstnamen tragen, erklärte er nach seiner Wahl, und nannte sich Urban VII.
Was wäre von seinem Pontifikat im Zeitalter der Glaubensspaltung zu erwarten gewesen? Er schien entschlossen, gegen Nepotismus vorgehen und die Armut bekämpfen zu wollen. Glaubensstreng verbot er unter Androhung der Exkommunikation auch das Tabakrauchen in Kirchen oder in deren Nähe. Allerdings war seine Zeit schicksalhaft begrenzt. Denn bereits kurz nach seiner Wahl erkrankte der Heilige Vater schwer an der Malaria und verstarb nach nur zwölf Tagen mit 69 Jahren am 27. September 1590. Bestattet wurde er in der Basilika Santa Maria sopra Minerva. Das Pontifikat von Urban VII. ist das bislang kürzeste der Papstgeschichte.
