Vorbild für die Rechte und Freiheiten, die Karl der neuen Universität verlieh, waren die ältesten beiden mittelalterlichen Universitäten in Bologna und Paris. Erster Kanzler wurde der Prager Erzbischof Ernst von Pardubitz. An den vier Fakultäten
Artes, Theologie, Rechtswissenschaft und Medizin lehrten und lernten Magister und Studenten aus ganz Europa. Letztere wurden ihrer regionalen Herkunft nach vier „Nationes“ genannten Studentenverbindungen – Böhmen, Polen, Bayern und Sachsen – zugeordnet.
Die Prager Karls-Universität ist die älteste Universität Mitteleuropas und wurde zum Vorbild für eine bald darauf einsetzende Gründungswelle von „Landesuniversitäten“, unter anderem 1365 in Wien durch die Habsburger und 1386 in Heidelberg durch die Wittelsbacher.
