Allerdings handelte es sich bei dieser Aktion nicht um eine systematische wissenschaftliche Ausgrabung. Eine gründlichere Untersuchung mit offizieller osmanischer Grabungserlaubnis erfolgte erst später. Schliemann setzte eine aus heutiger Sicht brachiale Methode ein: Statt vorsichtig Schicht für Schicht zu dokumentieren, ließ er tiefe Gräben durch den Hügel ziehen, wobei bedeutende historische Schichten unwiederbringlich zerstört wurden. Schliemann war überzeugt, dass er die Troja-Schicht gefunden hatte, die mit dem von Homer beschriebenen Ort übereinstimmen sollte. Tatsächlich jedoch irrte er sich: Der von ihm entdeckte „Schatz des Priamos“ – eine Sammlung goldener Schmuckstücke und Gefäße – stammte aus einer deutlich älteren, bronzezeitlichen Siedlung, die rund 1000 Jahre vor dem vermuteten Trojanischen Krieg existiert hatte.
Heute gilt Troja als ein mehrschichtiger Ausgrabungsort, der über Jahrtausende hinweg besiedelt wurde. Während die genaue Identität des homerischen Troja nach wie vor diskutiert wird, bleibt Schliemanns Rolle in der Archäologie ambivalent.
