Nach der ersten Eroberungswelle unter Pachacutec beherrschten die Inka um die Mitte des 15. Jahrhunderts ein Gebiet, das vom mittleren Peru bis ins nördliche Bolivien reichte. Aus dieser Zeit stammen wohl die Bezeichnungen der Reichsteile. Der nördliche Teil, Chinchaysuyu, hieß nach einem Küstental, das sich westlich von Cuzco befindet. Collasuyu im Süden wurde nach der wichtigen Ethnie der Colla benannt. Der Reichsteil im Westen erhielt die Bezeichnung Condesuyu, nach den dort siedelnden Conde, und das Andesuyu im Osten trug seinen Namen nach einem Sammelbegriff für die Bewohner der Regenwälder, Ande oder Anti. (Auf dieses Wort geht auch die Bezeichnung für das Gebirge der Anden zurück, die in der Kolonialzeit entstand.) Zusammen ergab dies das Tahuantinsuyu, das Reich der vier Teile, die Bezeichnung, die die Inka selbst für ihr Reich verwendeten.
In der zweiten Phase der Eroberungen unter Pachacutec übernahmen seine Söhne die Führung der Feldzüge, während ihr Vater in Cuzco blieb und die Fäden der reichsweiten Politik in Händen behielt. Der wichtigste Militärführer Pachacutecs war sein Sohn Tupac Inca Yupanqui. Er führte die Inka-Truppen in das Gebiet des heutigen Ekuador und unterwarf die Cañari, die dort um die Stadt Cuenca lebten. Auf zwei weiteren Feldzügen (wobei die genaue Reihenfolge schwer zu rekonstruieren ist) wurden die Nord- und die Südküste Perus erobert. Im Süden der Anden erreichten die Inka unter Tupac Inca Yupanquis Kommando das heutige Chile.
Die Inka hatten bei ihren Eroberungen keine waffentechnischen Vorteile gegenüber ihren Gegnern. Wie diese benutzten sie Keulen mit Stein- und Bronzeköpfen, Steinschleudern, Lanzen und Bogen. Wattierte Kleidung, Stoff- und Holzhelme und kleine Schilde dienten zum Schutz der Kämpfer. Die Inka-Heere bestanden aus Männern, die Kriegsdienst als Teil ihrer Steuerpflichten leisteten und keine besondere Ausbildung besaßen. Spezialisierte Truppen gab es nicht, wohl aber eine gewisse Professionalisierung bei den Offizieren. Große Kampagnen wurden sorgfältig geplant und konnten beispielsweise auch den Bau von Festungen umfassen. Inkaische Heere gingen weiträumig vor und teilten sich oft in mehrere Abteilungen auf. In Schlachten wurden die Truppen ebenfalls geteilt, eine Reserve zurückgehalten und möglichst im entscheidenden Moment eingesetzt. Kriegslisten wie fingierte Fluchten wandten die Inka-Heere ebenfalls gerne an. Zu den Siegen der Inka trug wesentlich ihre überlegene Logistik bei. Von Anfang an setzten sie darauf, parallel zu den militärischen Eroberungen eine Infrastruktur aus Straßen, Unterkünften, Speichern und Stafettenpost aufzubauen. Diese ermöglichte es, große Heere auszuheben, geordnet, gut versorgt und schnell an ihren Einsatzort zu bringen und für ausreichend Nachschub und die nötigen Informationen zu sorgen.
Neben dem Aufbau des Reichs war ein zentrales politisches Problem für Pachacutec die Regelung seiner Nachfolge. Wie alle Inka-Herrscher hatte er eine Vielzahl von Nebenfrauen, und es gab entsprechend viele Söhne. Zunächst hatte Pachacutec seinen älteren Sohn Amaro Tupac als Erben bestimmt. Als dieser jedoch bei einem Feldzug im südlichen Altiplano Boliviens eine Niederlage erlitt, bei der ein weiterer Bruder, Paucar Usno, umkam, überdachte Pachacutec seine Entscheidung. Anstelle des glücklosen Amaro Tupac wählte er Tupac Inca Yupanqui zum Nachfolger, der von diesem Moment an als Mitregent angesehen werden kann.
