Daneben galt sein Interesse dem Wetter. Er war der festen Überzeugung, dass Wetterschwankungen Auswirkungen auf die Gesundheit der Bevölkerung hätten und man sie deshalb genau untersuchen müsse. Er begann daher am 19. Dezember 1705 mit exakten meteorologischen Aufzeichnungen. Bis 1734 ermittelte er dreimal täglich Temperatur, Niederschlagsmenge, Luftdruck, Luftfeuchtigkeit und Windgeschwindigkeit. Dabei bediente er sich einfachster Mittel. Anhand der Umdrehungen einer Windmühle errechnete er die Windgeschwindigkeit, eine einfache Schüssel diente der Errechnung des Niederschlags. Nachdem Daniel Fahrenheit das Quecksilber-Thermometer vorgestellt hatte, führte Cruquius seine Temperaturmessungen in Fahrenheit fort. Seinem Perfektionismus verdanken die Niederlande die ältesten kontinuierlich geführten meteo‧rologischen Aufzeichnungen. Noch heute stellen sie eine wertvolle Quelle für die Klimaforschung dar.
