Ziel der Jubiläumsausstellung ist es, den Besuchern eine lebendige und eindrückliche Vorstellung davon zu geben in welchen Dom ein Mensch des 11., 15. oder 18. Jahrhunderts eintrat, welchen Raumeindruck er wahrnahm und wie er diesen Raum benutzte. Das bedeutet vor allem die verschiedenen Funktionen des Gotteshauses zu beleuchten, die dem heutigen Besucher kaum mehr geläufig sind: Welche Wirkung entfaltete der Dom, wenn er als Zeremonialraum einer feierlichen Königskrönung inszeniert wurde? Welchen Eindruck erhielten auswärtige Wallfahrer vom Dom, wenn sie etwa zum „Kultbild“ der hl. Wilgefortis pilgerten um dort ihre Wachsopfer darzubringen? Wie nahmen die Menschen den Dom wahr, zu einer Zeit, als die prächtigen Grabplatten der Erzbischöfe noch nicht, wie heute, allesamt an den Wänden hingen, sondern mitten im Raum auf einer Tumba oder in den Fußboden versenkt lagen? Wurde die Domkirche überhaupt als ein einheitliches Gotteshaus verstanden, wenn sie nicht nur optisch, sondern auch durch reale Schranken in verschiedene Bereiche aufgeteilt war, zu denen nicht jeder Zugang hatte? Wie versuchte man in der Barockzeit, die nach lichten und luftigen Räumen strebte, mit dem mystisch düsteren Monumentalbau des Mittelalters umzugehen? Und von welchen Vorstellungen waren die Erneuerungsarbeiten in der Colmar-Zeit geleitet, nachdem Anfang des 19. Jahrhunderts das alte Reich zusammengebrochen und das Bistum Mainz nahezu bedeutungslos geworden war?
Mit Hilfe von neuesten computeranimierten Bildern werden den Ausstellungsbesuchern die unterschiedlichen Raumzustände im Wandel der Zeit vor Augen geführt. Ergänzt durch aufwendige 3D-Modelle lassen die zahlreichen Rekonstruktionen den „verschwundenen Dom“ wieder sichtbar und räumlich erlebbar werden. In diese „Raumbilder“ fließen neben den bekannten baugeschichtlichen Entwicklungen auch neueste wissenschaftliche Erkenntnisse ein, die im Zuge der Ausstellungsvorbereitungen gewonnen werden konnten, und somit 2011 erstmals der Fachwelt wie einer breiten Öffentlichkeit vorgestellt werden.
Neben die rekonstruierten Raumbilder treten die noch erhaltenen, originalen Artefakte als materielle „Zeugen“ für den „verschwundenen“ Dom. Darunter befinden sich zum Teil nie gezeigte Exponate. So kann die Sonderausstellung 2011 seinen Besuchern u.a. erstmals Teile der Domausstattung aus der Zeit des Spätmittelalters und der Renaissance präsentieren, die erst im Zuge der jüngsten wissenschaftlichen Auswertung der Museumsbestände als solche identifiziert wurden. Diese sensationellen Neufunde sollen zudem durch bedeutende nationale wie internationale Leihgaben etwa aus der Moskauer Universitätsbibliothek, dem Museum Stockholm, der Kunsthalle Bremen oder Schloss Weißenstein, Pommersfelden ergänzt werden.
Hochkarätige Exponate in Verbindung mit eindrucksvollen Raumdarstellungen erwarten die Besucher des „verschwundenen Domes“ und ermöglichen ihnen eine außergewöhnliche Annäherung an ein jahrtausendealtes Bauwerk, das trotz aller Vertrautheit viele unbekannte Seiten hat. 2011 können sie im Bischöflichen Dom- und Dözesanmuseum Mainz entdeckt werden.
