Xavier war tief beeindruckt von der japanischen Kultur und betonte, wie wichtig es für die Missionare aus der Fremde sei, sich zu assimilieren und der einheimischen Kultur anzupassen. Grundvoraussetzung für eine erfolgreiche Mission waren für ihn das Erlernen der Sprache und ein tiefgehendes Verständnis der einheimischen Religion, der Riten und Gebräuche. In Gesprächen diskutierte er mit buddhistischen Lehrern und warb um Anerkennung durch die Mächtigen des Landes – auch wenn ihm eine Audienz beim Kaiser in Kyoto versagt wurde.
Xavier konnte darauf bauen, dass jesuitische Ordensbrüder seine Arbeit fortsetzen würden, als er 1552 Japan verließ und nach Goa zurückkehrte. Später wandte er sich nach China. Doch gefiel den Obrigkeiten in Japan die Ausbreitung des Christentums mit den Jahren immer weniger, sahen sie doch die wachsende Gefahr, dadurch in Abhängigkeit von europäischen Mächten wie Spanien oder Portugal zu geraten. 1587 wurde der christliche Glaube in Japan verboten, und Christen sowie insbesondere die Jesuiten im Land wurden fortan streng verfolgt.
