Die einzigartigen Schätze des Escorial belegen die Bedeutung Philipps II. und seiner Nachfolger. Die Zugänglichkeit der Originale seitens privater Interessenten und wissenschaftlich begründeter Forschung ist aufgrund des hohen Alters der Werke allerdings nur sehr eingeschränkt möglich. Erst die Faksimilierung, das heißt die originalgetreue Reproduktion der Kodizes erlaubt haptische Fühlungnahme und ungehinderten Einblick. Als Faksimile erhältlich ist eine Auswahl der größten Schätze der Bibliothek des Escorial beim Verlag Bibliotheca Rara in Münster.
Dazu gehört allen voran das Gebetbuch Philipps II. Dieses reich illuminierte Werk ist ein sogenanntes Capitulario, gedacht für den Gebrauch bei der Heiligen Messe durch die Kapitulare, die allein befugt waren, im Escorial die Heilige Messe zu feiern. Zugleich ist es aber auch ein persönliches Andachtsbuch des Königs. Was der Handschrift den Charakter eines ausgesprochen luxuriösen Kodex verleiht, sind die ganzseitigen Miniaturen und künstlerisch gestalteten Borten mit architektonischen, floralen und tierischen Motiven. Die Hieronymus-Mönche Andrés de León und Julián de Fuente el Saz ließen sich vom manieristischen Stil des großen Julio Clovio inspirieren und illustrierten ausgewählte Seiten des Manuskripts mit technischer Perfektion. Clovio (1498-1578) galt als einer der größten Miniaturisten seiner Zeit. Giorgio Vasari bezeichnete ihn 1568 als den „Michelangelo der Miniaturmalerei“.
In der Bibliothek wird auch das Testament Philipps II. aufbewahrt. Nur wenige Dokumente es uns, die komplexe Persönlichkeit des Königs und die außerordentlichen Ausprägungen seiner Persönlichkeit besser zu erkennen. Das Testament ist unterteilt in einen privaten private (Glaubensbekenntnis, Beisetzung, Schuldenausgleich, etc.) und einen politischen (Integrität des königlichen Besitzes, der Weiterbestand der Union zwischen den Kronen von Kastilien und Portugal und die Rückgabe des der Kirche und den Militärorden enteigneten Besitzes) Teil.
Zahlreiche Handschriften, die in der Bibliothek des Escorial aufbewahrt werden, stammen aus der Zeit von Philipps Vater Karl V. Dazu gehört ein dreibändiges Buch der Dynastien aus Augsburg (1547/48). I: „Von den Cäsaren zu Ferdinand von Austria“ – hiernach basiert das Imperium auf der Prophezeiung des Alten Testament; II: „Habsburg und die Dynastien Europas“ – hierarchisch geordnete Darstellung der europäischen Länder und ihrer Besitzungen, beginnend mit dem Königreich von Spanien, gefolgt von den Fürstentümern und Grafschaften bis hin zu den lehensunabhängigen Ländern wie Russland und der Schweiz, samt einer Aufzählung aller jeweiligen Herrscher bis zu den mythischen Legenden der Gründerzeit, III: „Historia Nobilitates“ – widmet sich dem Adel, seinem Ursprung sowie seinen moralischen und politischen Rechten.
