Auf dem 1545 eröffneten Konzil von Trient nahm die katholische Kirche erstmals geschlossen Stellung zu den umstürzenden Ereignissen und grenzte die eigene Lehre scharf vom Protestantismus ab. Als wichtiges Mittel zur Stärkung der katholischen Lehre hatte Paul III., neben der Bestätigung des Jesuitenordens, mit seiner Bulle „Licet ab initio“ bereits am 21. Juli 1542 die „Congregatio Romanae et universalis Inquisitionis“ (Kongregation der Römischen und allgemeinen Inquisition) als oberstes Glaubensgericht der Kirche ins Leben gerufen. Die zunächst aus sechs Kardinälen gebildete Behörde entschied in letzter Instanz über mögliche Irrlehren und prüfte zahllose Bücher auf vielleicht glaubensfeindliche Inhalte.
1908 erhielt das Gericht den Namen „Sacra Congregatio Sancti Officii“. 1965 abermals umbenannt in „Kongregation für die Glaubenslehre“, ist es seine offizielle Aufgabe noch immer, „die Glaubens- und Sittenlehre in der ganzen katholischen Kirche zu fördern und schützen“. Bis 2005 war Joseph Kardinal Ratzinger, der jetzige Papst, sein Präfekt.
