Die staatliche Schirmherrschaft über die Hus-Feiern führte jedoch 1925 zu Irritationen im Vatikan. Der päpstliche Nuntius verließ Prag, wor-auf auch die Tschechoslowakische Republik ihren Botschafter aus dem Vatikan abzog. Erst als vier Jahre später Masaryk den Jahrestag des heiligen Wenzel zum nationalen Feiertag erklärte und damit die Überkonfessionalität des Staates betonte, entspannte sich die Situation.
Innerhalb der katholischen Kirche des Landes schwelte der Konflikt jedoch weiter, tat sie sich doch schwer, Hus für sich zu vereinnahmen. Erst in den 1990er Jahren kamen unter Johannes Paul II. erste Zeichen aus Rom, die Geschichte des Jan Hus neu zu bewerten. Im Jahr 2000 würdigte der Papst dessen „sittlichen Mut“ und bat um Vergebung für die Leiden, die der Reformator und seine Anhänger hatten erdulden müssen.
