Immer wieder wurde später spekuliert, ob jemand die Mordaktion überlebt habe. 1989 aber wurde bekanntgegeben, dass die Gebeine der kaiserlichen Familie gefunden worden waren. Nach Ende der Sowjetunion wurden die Überreste wissenschaftlich untersucht und als diejenigen der Zarenfamilie identifiziert. 1998, 80 Jahre nach ihrer Ermordung, wurde die Familie in der Kathedrale der Peter-und-Paul-Festung in Sankt Petersburg, der Ruhestätte der russischen Zaren seit Peter dem Großen, feierlich beigesetzt. Im August 2000 sprach die russisch-orthodoxe Kirche Nikolaus II. zusammen mit seiner Frau und seinen Kindern wegen „seines Lebenswandels und Martyriums“ heilig.
