In den folgenden Kriegsjahren gründete er von Großbritannien aus ein nationales Komitee, das die Aktionen der Résistance in Frankreich steuerte und freie französische Streitkräfte aufstellte. Nach zähen Verhandlungen mit dem Oberkommandeur in Algier, Henri Giraud, gelang es de Gaulle, die Kräfte zu bündeln. Am 3. Juni 1943 rief er das „Französische Komitee für die nationale Befreiung“ ins Leben und übernahm zusammen mit Henri Giraud die Präsidentschaft.
Das Verhältnis zu den amerikanischen Alliierten blieb jedoch angespannt. Immer offensichtlicher sah sich de Gaulle nicht nur als militärischen Führer des Widerstands, sondern auch als künftigen Regierungschef. Dies war nun ganz und gar nicht im Sinn des amerikanischen Präsidenten. Franklin D. Roosevelt dachte vielmehr bis zur Abhaltung freier Wahlen in Frankreich an eine alliierte Militärregierung. De Gaulle behielt das letzte Wort. Noch am 6. Juni 1944, dem D-Day, nahm er unmissverständlich für das Komitee den Titel einer nationalen provisorischen Regierung in Anspruch.
