Als Myra gegen Ende des 11. Jahrhunderts immer öfter von Seldschuken bedrängt wurde, nutzten Seefahrer aus Bari die chaotischen Zustände und raubten die Gebeine des Heiligen. Am 8. Mai 1087 kehrten sie mit ihrer kostbaren Beute in ihre Heimatstadt zurück. Sogleich wurde mit dem Bau einer Basilika für die Reliquien begonnen, die 1098 von Papst Urban II. geweiht wurde. San Nicola in Bari entwickelte sich schnell zu einer bedeutenden Wallfahrtsstätte. Die gestohlenen Reliquien sind einigen Kreisen in der heutigen Türkei ein Dorn im Auge; sie fordern mit Bezug auf den Raub deren Rückgabe.
