Das katholische Bayern und das katholische Böhmen bildeten über Jahrhunderte hinweg religions- und mentalitätshistorisch verwandte Kulturräume, in mancher Hinsicht und für bestimmte Phasen sind sie sogar als eine Einheit zu verstehen. Dies ist nicht selbstverständlich, da beide Länder seit dem Ende des 10. Jahrhunderts durchgehend verschiedenen Kirchenprovinzen angehörten.
Das 973 gegründete Bistum Prag wurde dem Mainzer Erzbischof unterstellt und somit eine weitere Ausdehnung der Erzdiözese Salzburg und ihrer Bistümer Regensburg und Passau ins slawische östliche Mitteleuropa unterbunden. Die kirchlich-territoriale Trennung blieb auch 1344 erhalten, als Prag zum Erzbistum erhoben wurde. Mit Ausnahme des Egerlands, das bis 1807 kirchenrechtlich zu Regensburg gehörte, entsprechen die politischen Grenzen im bayerisch-böhmischen Bereich daher seit dem Hochmittelalter jenen der Diözesen.
Die Christianisierung Böhmens ging um 795 – ungeachtet aller Einflüsse der in Böhmen und vor allem in Mähren wirkenden oströmischen Missionare Method und Kyrill – von Regensburg und den Benediktiner-klöstern Niederbayerns aus. Bekannt ist, dass sich 845 in Regensburg, damals kirchliches und monastisches Zentrum Bayerns, 14 Edle aus Böhmen taufen ließen. Der heilige Bischof Wolfgang von Regensburg missionierte der Legende nach selbst in Böhmen und weihte dort zahlreiche Kirchen. Der heilige Günther, ein Benediktinermönch des Klosters Niederaltaich, gründete erst in Rinchnach, südlich von Zwiesel, und dann im böhmischen Gutwasser (Dobrá Voda) eine Mönchszelle. Begraben wurde er 1085 in Brewnow (Brevnov) bei Prag, dem ältesten böhmischen Benediktinerkloster. Neben den Regensburger Heiligen Wolfgang und Günther wurden in Böhmen auch fränkische Heilige wie Kilian verehrt. Zu den aus regionalen Wechselbeziehungen resultierenden Heiligenkulten gehörte auch der heilige Emmeram, der zeitweise böhmischer Landespatron war. Die meisten Priester und Mönche, die im Mittelalter von Bayern aus nach Böhmen gingen, blieben für die Nachwelt jedoch ebenso namenlos wie die Söhne slawischer Edler, die ihre Ausbildung in altbayerischen Klöstern erhielten.
Nach den altbayerischen Benediktinerklöstern waren es Zisterzienser-klöster wie Ebrach und Waldsassen, später die Bettelorden, die in Böhmen tätig waren. Im Reliquien- und Kunstschatz bayerischer wie böhmischer Kirchen befinden sich zahlreiche Belege für den engen kulturellen Austausch. So werden liturgische Handschriften, wie das Prager Sakramentar aus dem 9. Jahrhundert, der Regensburger Schreibschule von St. Emmeram zugeschrieben, während Handschriften der Wenzelsschule in Bayern Verbreitung fanden.
Ein Wallfahrtsort mit überregionaler Attraktivität war der Prager Veitsdom mit dem premyslidischen Märtyrer Wenzel (Václav). Der Kult dieses böhmischen Landespatrons breitete sich dann nicht nur unter den deutschen Siedlern Böhmens aus, sondern griff nach 1349 auch auf die Oberpfalz und „Neuböhmen“ (siehe Seite 38) über, wo unter anderem eine St. Wenzelskirche in Oberlauterbach entstand. Andere böhmische Landesheilige wie Veit (Vít) oder Adalbert (Vojtech), die von europäischer Bedeutung waren, oder Heilige mit regionaler Tradition wie Ludmilla (Ludmila) und Prokop, fanden dagegen in Bayern kaum Verbreitung.
