Bei der Freimaurerei handelte es sich offensichtlich zunächst um eine mündlich weitergegebene Tradition. So können allenfalls Dokumente aus späterer Zeit Rückschlüsse auf die Entstehung liefern. 1583 ernannte König Jakob VI. von Schottland William Schaw zum „King’s Master of the Works and General Warden of the Craft“ (heute würde man das wohl als „Minister für Bauangelegenheiten“ bezeichnen). Am 28. Dezember 1598 unterschrieb Schaw neue Statuten für die in Schottland neben den Zünften (incorporations) bestehenden Logen der Steinmetzen und Bildhauer. 1599 folgten weitere, ergänzende Statuten. In diesen werden drei Logen namentlich erwähnt: eine in Edinburgh (St. Mary’s Chapel), eine in Kilwinning (südwestlich von Glasgow) und eine in Stirling (nordöstlich von Glasgow); alle drei existieren bis heute.
Aus den Statuten geht hervor, dass die Logen permanente Organisationen waren, geführt von einem Warden (Aufseher) mit zwei Deacons (Diakonen oder „Schaffner“) als Hilfskräften zu seiner Seite; beide Funktionen gibt es in britischen Logen noch heute. Es gab drei Stufen von Mitgliedern: den Booked Apprentice (registrierten Lehrling), den Entered Apprentice (angenommenen Lehrling) und den Master Mason or Fellow of the Craft (Meister Steinmetz oder Mitgeselle des Fachs). Zum Erreichen der zweiten Stufe hatte der Kandidat in Anwesenheit einer bestimmten Anzahl von Mitgliedern eine Prüfung zu absolvieren. Danach musste er für das traditionelle gemeinsame Essen aufkommen. Erst das Erreichen der dritten Stufe fand im Rahmen eines Rituals statt. Auch in diesem Fall bezahlte der Prüfling anschließend das Essen, zudem schenkte er den Meistern der Loge neue Handschuhe. All dies ist vergleichbar mit den Abläufen in einer heutigen Loge. So bestand in Schottland wohl bereits an der Wende vom 16. zum 17. Jahrhundert eine funktionierende Freimaurerei.
Die Logen von Edinburgh und Kilwinning stritten darum, welche von beiden die ältere sei. Schaw vertrat die Meinung: Edinburgh. Später verlieh sein Nachfolger beiden Logen den Status time immemorial (ein technischer Ausdruck, der bedeutet, dass es niemanden gab, der sich an eine Zeit erinnern konnte, in der eine der beiden Logen nicht bestanden hätte). Wir können also wohl davon ausgehen, dass beide Logen mindestens seit der Mitte des 16. Jahrhunderts bestanden.
Die Situation in London war vergleichbar. Die „[Free] Masons Company of London“ führt ihre Entstehung bis zur Mitte des 14. Jahrhunderts zurück. Leider ist ein Teil ihrer Archivbestände – vom Ende des 16. Jahrhunderts bis 1619 – (wahrscheinlich bei dem großen Stadtbrand von 1666) verlorengegangen. In einer der ältesten erhaltenen Quellen (nach 1619) wird ein Ritual at the making of masons (mason = Steinmetz) erwähnt, das als acception (Annahme) bezeichnet wird. Anders als in Schottland bildeten die so Aufgenommenen keine eigenständige Organisation außerhalb der Zunft, sondern eine interne Elitegruppe. Mitglied wurden nur die besten und erfahrensten Bildhauer und Baumeister, und zwar erst dann, wenn sie zuvor Meister oder mindestens Warden der Zunft gewesen waren.
