Innozenz III. war außer sich über den Verrat seines einstigen Schützlings. Als sich der Welfe zum Angriff auf Sizilien rüstete, strafte ihn der Papst mit dem Kirchenbann: Er sprach die Exkommunikation Ottos IV. aus und entband dessen Unter‧tanen von ihrem Treueid – wegen Treu- und Gottlosigkeit, und weil der Kaiser seine Entscheidung eigenmächtig ohne die Fürsten getroffen habe. Letzteres ist in der Tat ein Bruch mit den Gepflogenheiten mittelalterlicher „konsensualer“ Herrschaft, die auf ein tragfähiges Miteinander von Herrscher und Fürsten im Reich setzte. An seiner Ignoranz scheiterte Ottos Herrschaft letztlich. Während er seine militärischen Aktivitäten in Unteritalien fortsetzte, führte die Kunde von seiner Exkommunikation zu einer wachsenden Opposition im Reich und letztlich zur Wahl Friedrichs II. zum römisch-deutschen König.
