Das Museumsquartier zeigt die Geschichte Lübecks vom Mittelalter bis in die Gegenwart, es bewahrt bedeutende Werke der lübschen und internationalen Sakralkunst über Kulturgeschichte bis hin zu zeitgenössischer Malerei und Skulptur. Ebenfalls neu ist ein außergewöhnlicher Multimediaraum, eine erweiterte und neu konzipierte Darstellung der Musikgeschichte Lübecks, ein Sommercafé im historischen Innenhof und die Abteilung St. Annen Kinder. Auf fast 9.000 Quadratmetern Fläche, davon ungefähr 4.000 Quadratmeter Ausstellungsfläche, und über 2.000 Quadratmeter Höfe, Gärten und Gänge, lassen sich drei Grundformen des menschlichen Miteinanders nicht nur aus der Geschichte dieses Ortes ableiten, sondern auch heute noch in den einzelnen Ausstellungen des Quartiers erleben.
Der neu geschaffene Multimediaraum „ZeitReisen“ verbindet die verschiedenartigen Bereiche des Museumsquartiers und erlaubt einen virtuellen Gang durch sieben Jahrhunderte Kunst und Kultur. Anhand ausgesuchter Artefakte und Epochen inszeniert der Raum akustisch und visuell die reiche Geschichte Lübecks vom frühen Mittelalter bis zur Neuzeit. Während im Kreuzgang von St. Annen der berühmte Passionsaltar der Familie Greverade von Hans Memling aus dem Jahr 1491 im Original zu sehen ist, bietet die virtuelle Darstellung ein Zusatzangebot und berichtet über den Aufbau des Retabels, über seine Geschichte vor und hinter den Bildern. Auch die neue Abteilung „St. AnnenKinder“ hilft mit digitalen und pädagogischen Angeboten, die religiösen Codes zu verstehen, die Bilder lebendig zu machen und spielerisch einen Zugang zu geschichtlichen Ereignissen zu finden. Der Schritt von gestern zu heute, von moderner Kunst und sakraler Atmosphäre ist im neuen Museumsquartier räumlich und virtuell ein Erlebnis von großer Dichte. Nicht umsonst gilt das St. Annen-Museum als eines der schönsten Museen Deutschlands. Die Kulturgeschichte der Hansestadt Lübeck seit dem späten Mittelalter zeigt sich in Objekten und Geschichten rund um die Lübecker Zünfte und Künstler. Es geht um Festkultur, Musikkultur und um Unternehmertum. So erfährt man in der Ausstellung im Obergeschoss des St. Annen-Museums in 25 Räumen, dass das Lübische Recht in fast 100 Städten entlang der südlichen Ostsee galt, dass der Kaufmann und Bürgermeister Jürgen Wullenwever 96 Zentner Kirchensilber einschmelzen ließ, um für seine Idee Krieg zu führen, nur noch hansische Händler in der Ostsee zuzulassen und dass das Amt der Garbrater seit 1376 das alleinige Recht besitzt, auf großen Gasteryen zu kochen.
Zu sehen sind eine original aufgebaute Dornse – Kontor und Arbeitsplatz des hanseatischen Kaufmanns, aber auch prächtig gestaltete Trinkgefäße, Ratssilber und Zechordnungen. Eine Besonderheit bietet auch die Kunst- und Wunderkammer des Jacob von Melle mit ethnologischen Kostbarkeiten aus dem Norden und Spielzeug aus ersten Grabungen in der Altstadt. Seit seiner Gründung ist Lübeck ein Zentrum für Musik. Und was um 1660 als Feierabendvergnügen für Kaufleute beginnt, wird vom jungen Dieterich Buxtehude zu einem Kunstspektakel entwickelt: Die „Lübecker Abendmusiken“. Diese lockten 150 Jahre lang Gäste in die Marienkirche und waren ein Ereignis, welches weit über die Grenzen der Stadt hinaus für Aufsehen sorgte. Neben musischen Themen werden außerdem die Beziehungen Lübecks zu den Niederlanden und zu England vorgestellt und große Unternehmer wie der Reeder Thomas Fredenhagen (1627–1709) präsentiert. Außerdem sind sogenannte Wackeltapeten, Goldledertapeten und fürstliche Pracht sowie Werke von Johann Georg Buchwald (1723–1806) zu sehen, der zu bedeutendsten deutschen Fayencemodelleuren gehört. Mit Briefen der Freundschaft, Hausmusik im Gartensaal, ostasiatischen Porzellanschalen und vier Damenkleidern, die die Geschichte des Kampfes um die Dressur des Frauenkörpers zeigen, endet der Rundgang. Als bürgerliches Stiftermuseum wurde das Museumsquartier St. Annen auch bei der aktuellen Umgestaltung in einer einmaligen Allianz vor allem aus in Lübeck ansässigen Stiftungen, Vereinen sowie Bürgern und aus dem Konjunkturprogramm des Bundes für eine energetische Sanierung und einen behindertengerechten Umbau finanziert. Die Hansestadt Lübeck hat zudem im Rahmen dieser Maßnahmen die Brandschutz- und Sicherheitstechnik umfassend modernisiert. Das Investitionsvolumen umfasste insgesamt knapp drei Millionen Euro.
