1524 kulminierten Unzufriedenheit und neues, durch die Bibel und deren „göttliches Recht“ begründetes Selbstbewusstsein der Bauern in Süddeutschland, Österreich und der Schweiz im „Bauernkrieg“. Während die eher gemäßigten Aufständischen in den „Zwölf Artikeln“ ihre Forderungen nach größerer Gerechtigkeit formulierten, sammelte am 17. März 1525 der radikale Theologe Thomas Müntzer in Mühlhausen Bauernhaufen und Stadtbürger im „Ewigen Rat Gottes“ um sich. Man schwor, kompromisslos gegen die Vertreter des alten Glaubens und der feudalen Ordnung zu kämpfen, doch traten wich‧tige Städte Thüringens nicht bei. Auch die beteiligten Bauernhaufen waren untereinander uneins. Im Mai 1525 wurden die aufständischen Bauern in der Schlacht von Frankenhausen, der letzten großen Schlacht des Bauernkrieges, niedergemetzelt. Thomas Müntzer wurde hingerichtet.
