Ferdinand leitete sogleich auch in Böhmen einen harten Kurs der Rekatholisierung ein, obgleich sich die Stände auf den Majestätsbrief Kaiser Rudolfs II. von 1609 beriefen, den sie diesem abgetrotzt hatten, als er mit seinen Brüdern um den böhmischen Thron stritt. Die Urkunde gestand den Böhmen freie Religionsausübung und die Errichtung einer protestantischen Kirchenorganisation zu. Ferdinands Politik führte zum Aufstand der böhmischen Stände, zum Prager Fenstersturz und zum Ausbruch des Dreißigjährigen Kriegs. Den verhassten Majestätsbrief schnitt Ferdinand II. nach der siegreichen Schlacht am Weißen Berg 1620 persönlich in zwei Teile.
