Bei der Gestaltung der Dauerausstellung „Was bleibt“ gingen die Konzeptgestalter vielfach neue Wege. Bereits beim Betreten bemerkt der Besucher die an klassische Dramen angelehnte Aufteilung der Ausstellung in Prolog, Hauptteil und Epilog. Einer Sammlung allgemeiner Eindrücke zum KZ in Flossenbürg folgt so der Raum, in dem die Exponate ausgestellt sind. Dort zeigt sich ein weiteres neuartiges Konzept: die mediale Nutzung des Raumes zur Vermittlung von Wissen. Chronologisch gestaffelt durch eine mit Filmsequenzen und Bildern bestückte Zeitleiste, die in sieben von den Gestaltern der Ausstellung gewählte Epochen aufgeteilt wurde, ist der Ausstellungsraum anhand von vier Leitthemen – Ort, Erinnerung, Opfer, Täter – gegliedert. Die entlang dieser beiden Achsen aufgestellten Exponate und Info-Tafeln laden den Besucher dazu ein, durch beliebiges Hin- und Herlaufen eigene Verknüpfungen der Ausstellungsinhalte zu schaffen. So entsteht laut den verantwortlichen Wissenschaftlern die Möglichkeit, räumliche Beziehungsgefüge zur Vernetzung komplexen Wissens zu nutzen. Den Raum, begriffen als eigenständiges Medium, ergänzen auf einzelne Exponate bezogene Tondokumente, die den Besucher vom Hinsehen zum Hinhören animieren. Dieses neuartige Konzept soll die emotionale Bindung und Empathie der Besucher zu den in der Ausstellung gezeigten Schicksalen fördern. Als Epilog folgt schließlich der Blick auf die Gegenwart: Der Besucher tritt hinaus auf den ehemaligen Appellplatz des Lagers. Hieran verdeutlicht sich das letzte, die Dauerausstellung prägende Konzept. So sollen in ihr Vergangenheit und Gegenwart, Tat und Erinnerung gleichsam erfasst werden, um das Phänomen der Konzentrationslager nicht als Teil einer abgeschlossenen Vergangenheit, sondern einer sich damit beschäftigenden Gegenwart zu definieren.
Der Katalog zur Ausstellung soll durch sein ungewöhnliches Layout die Besonderheiten dieser neuartigen Ausstellung einfangen und dem Leser in vollem Umfang präsentieren. Dazu werden die großformatigen Buchseiten nicht inhaltlich, sondern nach den oben genannten vier Leitthemen gegliedert. Der Begleitband ist außerdem in Kapitel aufgeteilt, die den einzelnen Epochen der in der Ausstellung präsentierten Zeitleiste entsprechen. Diesen Kapiteln voran gehen die zeitgeschichtlichen und lokalhistorischen Hintergründe der gewählten Epochen. In Kombination ergibt sich so für den Leser die Möglichkeit, das neuartige Konzept der räumlichen Freiheit der Ausstellung auch anhand des dazugehörigen Kataloges nachzuvollziehen.
Mit der Ausstellung und dem in Folge erschienenen Begleitband hebt sich die recht junge KZ-Gedenkstätte von anderen Erinnerungsorten ab. Dabei wurde die erste der nun zwei am Ort gezeigten Ausstellungen, die den Namen „Konzentrationslager Flossenbürg 1938-1945“ trägt, erst im Jahr 2007 eröffnet. Zuvor war das Lager lange einem Zustand des Vergessens ausgesetzt. Nach seiner Befreiung zunächst als Auffanglager für Flüchtlinge und Kriegsgefangene benutzt, wurde der Ort im Zuge einer teils bewussten Verdrängung als Industrie- und Wohnfläche umgestaltet. Einzig der Gedenkfriedhof nahe dem ehemaligen Krematorium zeugte noch von der Lagervergangenheit. Erst als ehemalige Gefangene diesen Zustand anlässlich eines Besuchs zum 50. Jahrestag ihrer Befreiung scharf kritisierten, setzte in Flossenbürg ein Umdenken ein. Teile des ehemaligen Lagers wurden wieder freigelegt und der Gedenkstätte angegliedert, vor allem der alte Appellplatz mit dem umstehenden Waschhaus und der Häftlingsküche. Hier fanden nun die beiden Dauerausstellungen ihre neue Heimat.
