Sein gesamter Pontifikat war geprägt von der Auseinandersetzung mit dem römischen Senat und dessen Wortführer Arnold von Brescia, der sich entschieden für eine besitzlose Kirche ohne weltliche Herrschaft aussprach. Nur über kurze Perioden seiner bis 1153 währenden Amtszeit konnte sich Eugen in Rom aufhalten, häufig zog er sich nach Viterbo zurück. Der Konflikt mit dem Senat blieb ungelöst. Doch als erster Zisterzienser auf dem Papstthron war Eugen III. nicht ohne einflussreiche Fürsprecher. Er war Schüler und Verehrer seines berühmten Ordensbruders Bernhard von Clairvaux. Dessen Einfluss auf den Pontifex bleibt umstritten, doch als der Papst 1145 zum zweiten Kreuzzug aufrief, betätigte sich Bernhard als wortgewaltiger Kreuzzugsprediger.
