Die meisten Untertanengebiete wie Unterwallis, Thurgau oder Lugano erklärten sich für frei und lösten sich von ihren Orten (Kantonen). Sie wollten als eigenständige Kantone in die Alte Eidgenossenschaft aufgenommen werden. Dem widersprach aber der Wunsch Frankreichs nach einem helvetischen Einheitsstaat mit einer einheitlichen Verfassung. Schließlich besetzte Napoleon die Alte Eidgenossenschaft und gründete die Helvetische Republik, einen zentralistischen Einheitsstaat nach französischem Vorbild. Ihre Hauptstadt wurde Aarau.
Die vormals selbständigen Kantone wurden zu Verwaltungseinheiten, die um zwölf neue Kantone ergänzt wurden. Etliche Staatsstreiche und mehrere Verfassungsänderungen begleiteten die Helvetische Republik, die nur für kurze Zeit Bestand hatte. Trotz des Eingreifens von Napoleon wurde sie am 10. März 1803 aufgelöst. Die Schweiz wurde ein Staatenbund und erhielt den Namen „Schweizerische Eidgenossenschaft“ (Confoederatio Helvetica).
