Winston Churchill, der von 1911 bis 1915 Erster Lord der Admiralität war, bemerkte einmal, das Leben in der Royal Navy zur Zeit James Cooks sei geprägt gewesen von „Rum, Homosexualität und der Peitsche“. Seither werden die britischen Kriegsschiffe des 18. Jahrhunderts oft als „schwimmende Hölle“ geschildert, bemannt mit zum Dienst gezwungenen Seeleuten, die in ständiger Furcht vor ihren sadistischen Offizieren lebten.
Dieses Bild ist zwar stark überzeichnet; gleichwohl war der Dienst in der Royal Navy in den Augen vieler Seeleute wenig verlockend. Nur wenige Matrosen meldeten sich wie James Cook freiwillig zur Marine. Was die Royal Navy den Seeleuten so verhaßt machte, war neben der harten Disziplin vor allem die relativ schlechte und oft auch unregelmäßige Bezahlung. War die Bemannung der Schiffe in Friedenszeiten schon schwierig genug, blieb in Kriegszeiten meist keine andere Wahl, als Matrosen zum Dienst zu zwingen oder zu „pressen“. Doch selbst die Androhung der Todesstrafe konnte nicht verhindern, daß sich viele Seeleute ihrer Dienstpflicht durch Desertion entzogen.
Die strikte Disziplin an Bord britischer Kriegsschiffe war nicht allein aus militärischen Gründen, sondern vor allem aufgrund der ständigen Auseinandersetzung mit den Naturgewalten erforderlich. Auch auf Handelsschiffen gab es eine klare Bordhierarchie mit dem Kapitän an der Spitze, obgleich hier die Disziplin meist weniger streng gehandhabt wurde. An Bord eines Kriegsschiffs kam der Kommandant für die Seeleute gleich nach Gott. Er besaß eine fast unumschränkte Kommando- und Strafgewalt über seine Männer.
Die rechtliche Grundlage der Disziplin in der Royal Navy bildeten die „Articles of War“ („Kriegsartikel“). Viele Bestimmungen sahen als einzige Strafe den Tod vor – doch das galt auch für die damaligen Strafgesetze an Land. Während bei schweren Straftaten, wie Desertion oder Meuterei, ein Kriegsgericht zuständig war, wurden kleinere Delikte wie Nachlässigkeit oder Trunkenheit im Dienst ohne Gerichtsverfahren durch den Kommandanten an Bord geahndet. Bei geringfügigen Verfehlungen wurden Strafarbeiten oder der Entzug der täglichen Rumration verhängt, bei schwereren Vergehen wurden die Matrosen ausgepeitscht.
Auch Kapitän Cook hielt an Bord strenge Disziplin, doch war er im Gegensatz zu vielen anderen Kommandanten der Royal Navy kein tyrannischer Schinder. Obgleich er nicht vor dem Einsatz der Peitsche zurückscheute, achteten ihn die Männer für seine Bemühungen um ihr Wohlergehen. Kapitäne wie er hatten erkannt, daß auch die Matrosen menschliche Wesen waren und daß ein „glückliches Schiff “ auch immer ein „tüchtiges Schiff“ war. Große Kriegsschiffe, wie Linienschiffe und Fregatten, wurden von Offizieren im Rang eines post captain (Kapitän zur See), kleinere Kriegsschiffe wie Korvetten hingegen von einem commander (Korvettenkapitän) kommandiert, während die kleinsten Schiffe, etwa Kanonenbriggs oder bewaffnete Transportschiffe wie James Cooks „Endeavour“, unter dem Befehl eines Leutnants standen. Bei der Führung des Schiffs wurde der Kommandant von seinen Offizieren unterstützt. Sie standen im Rang eines Leutnants und waren durch ein königliches Patent bestallt. Ein Seeoffizier mußte in erster Linie ein fähiger Seemann sein. Aus diesem Grund war seit 1677 für die Beförderung zum Leutnant ein mündliches Examen in Navigation und Seemannschaft vorgeschrieben. Die Kandidaten mußten 20 Jahre alt sein und sechs Jahre Seedienstzeit als Offiziersanwärter nachweisen können. Da es im 18. Jahrhundert noch keine geregelte Offiziersausbildung gab, besaßen die Kommandanten der britischen Kriegsschiffe das Recht, selbst Offiziersanwärter oder midshipmen an Bord zu nehmen. Doch der Aufstieg ohne hochgestellte Gönner war schwierig. Für eine erfolgreiche Offizierskarriere war daher neben professionellem Können Patronage eine wichtige Voraussetzung.
