Zu Beginn seiner „Japan-Karriere“ stand Wilhelm Heine brieflich in Kontakt mit Philipp Franz von Siebold. Das Verhältnis verschlechterte sich jedoch im Lauf der Jahre so weit, dass Siebold während seiner zweiten Reise äußerte, er plane eine Schrift zu verfassen, die Heines „Fehler“ korrigieren werde. Persönlich begegneten sich die Beiden nie, obwohl sie zwischen 1859 und 1862 zur gleichen Zeit in Edo (heute Tokio) waren.
Philipp Franz von Siebold (1796 – 1866) wurde in Würzburg geboren und studierte wie sein Großvater und Vater Medizin und Naturwissenschaften. Nach dem Studium trat er 1822 als Militärarzt in den niederländischen Kolonialdienst ein. 1823 wurde er nach Japan geschickt, das sich seit Beginn des 17. Jahrhunderts hermetisch fremden Besuchern verschloss. Ausschließlich Chinesen und Niederländern, die sich nur auf der künstlichen Insel Deshima im Hafen von Nagasaki aufhalten durften, war es gestattet, mit Japan Handel zu treiben. Da die Japaner aber sehr an westlichen Wissenschaften und Erfindungen interessiert waren, informierten sie sich mittels holländischer Bücher. Aus diesem Grunde wurde es dem Arzt der niederländischen Faktorei immer wieder gestattet, das Festland zu betreten, um hochgestellte Personen zu behandeln und Japaner in westlicher Medizin zu unterrichten. Dank dieser Kontakte gelang es Siebold, viele Informationen über Land und Leute zu erhalten und ethnographische sowie naturwissenschaftliche Sammlungen anzulegen. 1826 nahm er an der, alle vier Jahre stattfindenden, Hofreise des Faktoreivorstehers nach Edo teil, was eine weitere Gelegenheit bot, das Land kennenzulernen. Während des Aufenthalts in Edo lernte er bedeutende Gelehrte kennen. 1828 war Siebolds Dienstzeit in Japan beendet, sein Schiff wurde jedoch durch einen Taifun an Land getrieben.
Die Japaner entdeckten, dass Siebolds Sammlungen auch Landkarten enthielten, deren Weitergabe an Ausländer strengstens verboten war. In dem sich anschließenden einjährigen Gerichtsverfahren wurde Siebold schließlich 1829 auf Lebenszeit des Landes verbannt und kehrte 1830 nach Europa zurück. Der niederländische Staat erwarb seine Sammlungen und Siebold erhielt unbegrenzt Urlaub, um diese zu bearbeiten und auszuwerten. Es erschienen wichtige Publikationen über die Fauna und Flora sowie die Landeskunde Japans. Nach der 1853/54 durch den nordamerikanischen Kommodore Perry (1794 – 1858) erzwungenen Öffnung Japans wurde Siebolds Verbannung aufgehoben, so dass er von 1859 bis 1862 erneut nach Japan reisen konnte. Als er in Edo schließlich als Berater der japanischen Regierung tätig wurde, kam es zu Auseinandersetzungen mit dem niederländischen Gesandten und Vertretern anderer Regierungen, so dass Siebold vom Shogun 1862 ehrenvoll entlassen werden musste. Nach seiner Rückkehr nahm Siebold seinen Abschied aus den niederländischen Diensten und kehrte nach Würzburg zurück. Als er 1866 seine auf der zweiten Reise zusammengetragene Sammlung in München ausstellte, verstarb er und wurde auf dem Alten Südlichen Friedhof beigesetzt.
