Eine bis dahin beispiellose Empörung des gemeinen Mannes sei im Reich ausgebrochen, notierte der im Zürcher Oberland lebende Johannes Stumpf in seiner Chronik. Er war Zeitgenosse und Zeitzeuge der Vorgänge, die andere Bauernkrieg nannten. Für Stumpf indessen war es ein Aufruhr, der für ihn wie selbstverständlich aus der Tyrannei der adligen und geistlichen Herren erwachsen war. „Dann Tyrranei und Uffrur gehören zusamen“.
Im Sommer 1524 rotteten sich Bauern westlich des Bodensees in sogenannten Haufen zusammen. Der Begriff entstammte der Sprache der Landsknechte und bezeichnete damit den von Anfang an paramilitärischen Charakter des Aufstands. Gewalt wurde noch nicht angewendet, die Zusammenrottung diente als Drohgebärde. Der Grund waren angeblich ungebräuchliche und maßlose Fronforderungen an die Bauern mitten in der Erntezeit. Die Unruhe breitete sich um Weihnachten nach Oberschwaben aus. Dort wurden im März 1525 die „Zwölf Artikel der oberschwäbischen Bauern“ verfasst, die dem Aufstand erst seine Beschleunigung und räumliche Ausweitung sicherten. In der erstaunlich kurzen Zeit von zwei Monaten erschienen davon 28 Drucke in nahezu allen namhaften Städten des Reichs, die landauf, landab die persönliche Freiheit, die Wahl der Pfarrer und die Autonomie der Gemeinde als Ziele des Aufstands propagierten. Es dauerte nur noch wenige Wochen, bis die ersten adligen Burgen gebrochen, die ersten Klöster besetzt und in Brand gesteckt waren. Es dürften an die 30000 Bauern gewesen sein, die zu dieser Zeit in Oberschwaben unter Waffen standen.
Im Mai 1525 schließlich hatten die Unruhen einen großen Teil des Reichs erfasst, von Magdeburg bis nach Trient, von den Vogesen bis ins Salzkammergut reichte schließlich das Aufstandsgebiet, selbst große Teile der Schweiz, von Basel über die Zürcher Landschaft bis nach Graubünden, waren betroffen. Die Bewegung wurde durch die Heere der Reichsfürsten und den Schwäbischen Bund (eine Vereinigung süddeutscher Reichsstädte, Reichsklöster, Reichsritter und Reichsfürsten) in vier Schlachten niedergeworfen. Am 16., 17. und 20. Mai zog Herzog Anton II. von Lothringen eine Blutspur von Zabern bis Schlettstadt durch das Elsass, danach lagen 20 000 Tote im Hinterland von Straßburg. In Lupfstein, nahe von Zabern, trieb man die letzten 300 Bewaffneten in die Kirche, umlegte sie mit Holz und verbrannte beide, die Kirche und die Bauern. Eine Woche zuvor hatten der Schwäbische Bund und sein Feldherr, Georg III. Truchsess von Waldburg, der „Bauernjörg“, wie er genannt wurde, bei Herrenberg und Böblingen ein bäuerliches Heer von 12000 Mann aus Württemberg geschlagen. In Frankenhausen in Thüringen kamen gegen die vereinigten Heere Landgraf Philipps von Hessen und Herzog Georgs von Sachsen von 6 000 Bauern kaum 1000 mit dem Leben davon. In der ersten Juniwoche wurden bei Würzburg die fränkischen Bauern geschlagen. Bei Kempten im Allgäu kapitulierten im Juli nach Angaben des „Bauernjörg“ 23000 Bauern, nachdem er zuvor mehrere Dörfer in Sichtweite des bäuerlichen Lagers hatte niederbrennen lassen.
