Denn nachdem um 1500 bereits Humanisten wie Conrad Celtis, Jakob Locher und Johannes Aventinus dort gewirkt hatten, waren es seit der Mitte des 16. Jahrhunderts die Jesuiten, die die Ausrichtung der Universität maßgeblich bestimmten. Auf Bitte von Herzog Wilhelm IV. von Bayern hatte der Ordensgründer Ignatius von Loyola drei Jesuiten nach Ingolstadt entsandt, darunter Petrus Canisius aus Nimwegen, der Rektor der Universität wurde. Der Einsatz der Jesuiten war hochpolitisch: Wilhelm IV. und sein Enkel und Nachfolger kämpften entschlossen für den katholischen Glauben in Bayern, wofür ihnen die Jesuiten nicht zuletzt von Ingolstadt aus die Munition liefern sollten.
