1568 gewährte er eine Religionskonzession – eine vorläufige Anerkennung des Augsburger Bekenntnisses –, die er an die Ausarbeitung einer Kirchenordnung knüpfte. Nachdem ihm diese mit der „Christlichen Kirchen Agenda“ vorgelegt worden war, erließ Maximilian am 14. Januar 1571 die Religionsassekuration. Diese gestand den Anhängern des Augsburger Bekenntnisses in den österreichischen Erblanden die freie Religionsausübung zu, allerdings nur den Adligen und Rittern. Die Städte und die Calvinisten waren davon ausgeschlossen. In der Folge bildete sich in Ober- und Niederösterreich allmählich eine ständisch geprägte lutherische Kirche heraus.
