Tatsächlich zogen 1798 fast alle von ihnen an der Seite der französischen Invasionsarmee an den Nil. In Kairo gründete Bonaparte das „Institut d’Égypte“ und übertrug seiner Expertengruppe die Aufgabe, zu allen Aspekten der Vergangenheit und Gegenwart des Landes und seiner Topographie zu forschen. So waren es Mitglieder der Kommission, die die Bedeutung des 1799 zufällig entdeckten Rosetta-Steins erkannten und seinen Text reproduzierten, ehe er an die Briten fiel. Die Abschrift ermöglichte Jean-François Champollion 1822 die bahnbrechende Entschlüsselung der Hieroglyphen. Die Früchte ihrer Arbeit trugen die Mitglieder der Kommission in der von ihr 1801 fertiggestellten und 1809 erstmals herausgegebenen „Description de l’Égypte“ zusammen. In insgesamt 23 Text- und Bildbänden legte sie eine umfassende Beschreibung Ägyptens vor, die den Grundstein für das neue Fach Ägyptologie bildete.
